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T h e g e n e r a l s e c r e t i o n ( S e c ) p r o t e i n e x p o r t p a t h w a y a n d t h e t w i n a r g i n i n e t r a n s l o c a t i o n ( T a t ) e x p o r t p a t h w a y a r e t h e t w o m a i n p r o t e i n s e c r e t i o n p a t h w a y s . S e c d e p e n d e n t p r o t e i n s a r e t r a n s l o c a t e d t o t h e p l a s m a m e m b r a n e e i t h e r c o o r p o s t t r a n s l a t i o n a l l y . I n t h e c o t r a n s l a t i o n a l e x p o r t m o d e , p r e c u r s o r p r o t e i n s a r e r e c o g n i z e d a t t h e r i b o s o m e b y t h e s i g n a l r e c o g n i t i o n p a r t i c l e ( S R P ) a n d t h e n t a r g e t e d t o t h e t r a n s m e m b r a n e S e c Y E G c h a n n e l b y S R P a n d F t s Y , t h e S R P m e m b r a n e r e c e p t o r . I n t h e p o s t t r a n s l a t i o n a l e x p o r t m o d e , t h e p o s t t r a n s l a t i o n a l l y i n t e r a c t i n g p r o t e i n s ( P I P ’ s ) , s u c h a s t h e s p e c i f i c t a r g e t i n g c h a p e r o n e S e c B , t h e g e n e r a l c h a p e r o n e s G r o E L S , D n a K D n a J G r p E , t r i g g e r f a c t o r , t h e C s a A p r o t e i n a n d t h e s o l u b l e f o r m o f S e c A , k e e p t h e f u l l y s y n t h e s i z e d p r e c u r s o r p r o t e i n s i n a n u n f o l d e d s e c r e t i o n c o m p e t e n t s t a t e . T h e n t h e m o t o r p r o t e i n S e c A t r a n s l o c a t e t h e p r e p r o t e i n s t h r o u g h S e c Y E G u s i n g m e t a b o l i c e n e r g y f r o m A T P h y d r o l y s i s . I n a d d i t i o n , S e c D F e n h a n c e s t h e r e l e a s e o f p r e p r o t e i n s . T a t d e p e n d e n t p r o t e i n s a r e t r a n s p o r t e d a c r o s s l i p i d b i l a y e r s i n a f o l d e d s t a t e . T h e e n e r g y f o r t r a n s l o c a t i o n c o m e s f r o m t h e p r o t o n m o t i v e f o r c e ( P M F ) . I n g r a m n e g a t i v e b a c t e r i a a n d g r a m p o s i t i v e b a c t e r i a w i t h h i g h G C c o n t e n t g e n o m e s , t h e T a t t r a n s l o c a s e c o n s i s t s o f T a t A , T a t B , a n d T a t C . I n l o w G C g r a m p o s i t i v e b a c t e r i a , t h e T a t s y s t e m i s c o m p o s e d o f T a t C a n d a b i f u n c t i o n a l T a t A p r o t e i n . S i g n a l p e p t i d e s f r o m d i f f e r e n t p r o t e i n s s h o w a c o m m o n s t r u c t u r e . G e n e r a l l y , a s i g n a l p e p t i d e i s c o m p o s e d o f t h r e e d i s t i n c t d o m a i n s : a p o s i t i v e l y c h a r g e d n r e g i o n ( 1 5 r e s i d u e s l o n g ) , a c e n t r a l , h y d r o p h o b i c h r e g i o n ( 7 1 5 r e s i d u e s l o n g ) a n d a c r e g i o n ( 3 7 r e s i d u e s ) w i t h t h e c l e a v a g e s i t e o f s i g n a l p e p t i d a s e . A h i g h l y c o n s e r v e d t w i n a r g i n i n e m o t i f ( S R R X F L K , w h e r e X i s o f t e n , b u t n o t a l w a y s , a p o l a r a m i n o a c i d r e s i d u e ) i s l o c a t e d a t t h e n / h r e g i o n b o u n d a r y o f T a t s p e c i f i c s i g n a l p e p t i d e s . I n t r o d u c t i o n f o r S P S E D A s a n i m p o r t a n t s e c r e t o r y f u n c t i o n a l e l e m e n t o f b a c t e r i a l c e l l f a c t o r i e s , t h e a d a p t a t i o n o f s i g n a l p e p t i d e t o h e t e r o l o g o u s p r o t e i n w i l l s i g n i f i c a n t l y a f f e c t t h e s e c r e t i o n l e v e l o f h e t e r o l o g o u s p r o t e i n . I n r e c o m b i n a n t p r o t e i n p r o d u c t i o n , s c r e e n i n g a n o p t i m u m s i g n a l p e p t i d e i s a n i m p o r t a n t b u t t o i l s o m e s t e p t o i n c r e a s e t h e y i e l d o f t h e t a r g e t p r o t e i n . H o w e v e r , i t s c u r r e n t l y n o t p o s s i b l e t o p r e d i c t t h e b e s t p e r f o r m i n g s i g n a l p e p t i d e f o r a g i v e n t a r g e t p r o t e i n . T h e n o n i n t e g r a t e d a n d f r a g m e n t e d d a t a i n r e l e v a n t l i t e r a t u r e h i n d e r e d t h e s y s t e m a t i c i n v e s t i g a t i o n o f p r o t e i n s e c r e t i o n e f f i c i e n c y g u i d e d b y t h e s i g n a l p e p t i d e . S P S E D i s a d a t a b a s e o f s i g n a l p e p t i d e s e c r e t i o n e f f i c i e n c y f o r s p e c i f i c t a r g e t p r o t e i n s . O n e e n t r y i n t h e d a t a b a s e c o r r e s p o n d s t o t h e s e c r e t i o n y i e l d o f a s p e c i f i c t a r g e t p r o t e i n w i t h a s p e c i f i c s i g n a l p e p t i d e . W e h o p e t h a t S P S E D i s h e l p f u l i n t h e p r o d u c t i o n o f e n z y m e s a n d t h e r e s e a r c h o f s i g n a l p e p t i d e s e c r e t i o n m e c h a n i s m . W h a t y o u c a n d o w i t h S P S E D B r o w s e s i g n a l p e p t i d e s e c r e t i o n e f f i c i e n c y f o r s p e c i f i c t a r g e t p r o t e i n s . S e a r c h f o r S P S E D r e c o r d s i n v a r i o u s w a y s . B L A S T a q u e r y s e q u e n c e a g a i n s t S P S E D t o f i n d a h o m o l o g o u s s e c r e t e d p r o t e i n o r s i g n a l p e p t i d e . S u b m i t d a t a t o S P S E D . D o w n l o a d s i g n a l p e p t i d e s e c r e t i o n e f f i c i e n c y d a t a . C i t a t i o n I f y o u r r e s e a r c h i s a s s i s t e d b y S P S E D , p l e a s e c i t e o u r p u b l i c a t i o n : P e n g C , G u o Y , R e n S , L i C , L i u F a n d L u F ( 2 0 2 2 ) S P S E D : A S i g n a l P e p t i d e S e c r e t i o n E f f i c i e n c y D a t a b a s e . F r o n t . B i o e n g . B i o t e c h n o l . 9 : 8 1 9 7 8 9 . d o i : 1 0 . 3 3 8 9 / f b i o e . 2 0 2 1 . 8 1 9 7 8 9 . [ L i n k ] P l e a s e b e s u r e t o c i t e t h e o r i g i n a l a u t h o r s i n c a s e y o u f e t c h a n d u s e d a t a t h a t w e o n l y r e d i s t r i b u t e . F e e d b a c k I f y o u h a v e a n y p r o b l e m s , p l e a s e s e n d e m a i l t o D r . C h o n g P e n g S t a t i s t i c s T a r g e t P r o t e i n s 1 8 E x p r e s s i o n H o s t s 1 5 S i g n a l P e p t i d e 1 0 2 5 U s e f u l L i n k s S i g n a l P P r e d i S i P h o b i u s S i g n a l P e p t i d e D a t a b a s e S R P D B P u b M e d N e w s m o r e d a t a w a s a d d e d . 0 . 9 O c t . 2 , 2 0 1 9 S P S E D 0 . 9 A d v a n c e d s e a r c h f u n c t i o n i m p r o v e d . 0 . 8 M a y . 1 8 , 2 0 1 9 S P S E D 0 . 8 T h e p a g e s w e r e r e d e s i g n e d a n d t h e l a y o u t o f h o m e p a g e w a s m o d i f i e d . T h e s u b m i t p a g e w a s a d d e d . 0 . 5 A p r i l . 2 3 , 2 0 1 9 S P S E D 0 . 6 T h e b a c k e n d f u n c t i o n t e s t o f t h e w e b s i t e c o m p l e t e d l o c a l l y a n d t h e o n l i n e t e s t s t a r t e d . S P S E D c a n b e v i s i t e d t h r o u g h w w w . s p s e d . c o m . 0 . 3 A p r i l . 2 3 , 2 0 1 9 S P S E D 0 . 3 T h e B L A S T p a g e w a s a d d e d f o r t h e a l i g n m e n t s e a r c h o f S e c r e t e d P r o t e i n a n d S i g n a l P e p t i d e s e q u e n c e s . 0 . 1 J a n . 0 9 , 2 0 1 9 S P S E D 0 . 1 T h e d a t a w a s c o l l e c t e d a n d t h e i n i t i a l c o n s t r u c t i o n o f t h e w e b s i t e b e g a n . G l o b a l V i s i t o r s 2 0 1 9 b y C h o n g P e n g L a b o f A p p l i e d M i c r o b i o l o g y a n d E n z y m e E n g i n e e r i n g T i a n j i n U n i v e r s i t y o f S c i e n c e 津 I C P 备 1 9 0 0 2 9 8 9 号
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互联网资讯 2024-06-19 22:22:31
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